研发基于深度测序的各种系统生物组学技术，在肿瘤细胞和干细胞内开展转录组学、转录因子介导的转录调控网络以及表观遗传调控等功能基因组学的研究。近期的研究工作聚焦于理解消化系统肿瘤中神经递质相关的表观遗传修饰与肿瘤发生发展的关系。在Nature Communications、Cancer Letters、Clinical Epigenetics、Genome Biology、Cell Stem Cell等杂志上发表SCI文章三十余篇，总影响因子237.1，总引用次数超过5600。
赵小东，上海交通大学教授，开云官方在线登陆入口基因组结构与功能课题组组长。国际人类基因组组织（The Human Genome Organisation，简称HUGO）成员。2003年获得中国疾病预防控制中心博士学位，后分别赴新加坡基因组研究所、剑桥大学医学研究所深造，2010年回国就职于开云官方在线登陆入口。主要从事基于深度测序的系统生物组学技术的研发，并将其应用于肿瘤细胞和干细胞内的转录调控网络及表观遗传学研究，相关研究成果曾获得2021年度国家自然科学二等奖。
邮箱：xiaodongzhao@sjtu.edu.cn
课题组成员：谭胜
学生：彭永林、林桑、战圣烜、杨文豪、李哲一、袁帅等
主要研究方向：
1、神经递质介导的异常表观遗传修饰及其引起的细胞癌变机制；
2、干细胞表观遗传修饰及其生物学意义；
3、空间转录组学和空间表观组学技术的研发及应用。
代表性成果
1. Peng Y, Liu X, Wu J, Lin S, Zhan S, Li H, Wang J, Zhao X. EpiXFormer: a cross-attention neural network for predicting cell type-specific transcription factor binding sites. Brief Bioinform. 2026;27(1):bbaf721.
2. Lin S, Tan S, Peng Y, Tulamaiti A, Du W, Ding K, Chen C, Wu J, Li H, Xu W, Sun J, Zhang XL, Zhang ZG, Zhao X. Histone serotonylation promotes pancreatic cancer development via lipid metabolism remodeling. Nat Commun. 2025;16(1):5947.
3. Du W, Tan S, Peng Y, Lin S, Wu Y, Ding K, Chen C, Liu R, Cao Y, Li Z, Gu S, Feng H, Wan B, Tao SC, Wang N, Fan Y, Zhao X. Histone lactylation-driven YTHDC1 promotes hepatocellular carcinoma progression via lipid metabolism remodeling. Cancer Lett. 2025;611:217426.
4. Wu Y, Xu B, Peng Y, Lin S, Du W, Liu R, Zhang S, Wu J, Zou K, Zhao X. H3K18 lactylation-mediated Ythdf2 activation restrains mouse female germline stem cell proliferation via promoting Ets1 mRNA degradation. Clin Epigenetics. 2025;17(1):84.
5. Tan S, Zhang M, Shi X, Ding K, Zhao Q, Guo Q, Wang H, Wu Z, Kang Y, Zhu T, Sun J, Zhao X. CPSF6 links alternative polyadenylation to metabolism adaption in hepatocellular carcinoma progression. J Exp Clin Cancer Res. 2021;40(1):85.
